После какой-то манипуляции на телефоне, все СМС-ки стали приходить не в SMS центр, а в программу hangouts, это очень не удобно, как отключить данную функцию?

Это произошло при первом запуске Hangouts после обновления (или если телефон новый при первом запуске) и вам было предложено включить SMS в Hangouts или отложить на потом.

Если вы сначала решили дать шанс SMS, но по-прежнему предпочитаете использовать отдельное приложение, вы можете отключить интеграцию SMS.

На устройствах под управлением Андройд эту функцию можно отключить SMS в Hangouts, перейдя в программе hangouts  "Настройки>SMS", а затем снять галочку "Включить SMS".