На ноутбуке нужно выключить флешки, но если USB отключить в BIOS тогда не будет работать принтер и сканер, можно ли как-то отключить флешки, не отключая полностью USB? На ноутбуке установлена Windows 7.

Для отключения флешек можно использовать очень простой способ, для этого необходимо удалить следующий ключ реестра, предварительно сохранив его

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\usbstor\Type

Для включения, флешек,  восстановите параметр реестра.

Если же Вам необходимо отключить и кард ридер, встроенный в корпус, то можно удалить следующую ветку в реестре:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\usbstor\ Enum

Обязательно сохраните резервные копии удаляемых веток и параметров реестра.